萬福寺の前身は、平安時代に益田川河口付近（中須地区）に建立された五福寺（安福寺・福王寺・専福寺・妙福寺・蔵福寺）のひとつ、天台宗安福寺である。万寿3年(1026年)５月４日の大津波で五福寺はことごとく流出した。

専福・妙福・蔵福の3ヵ寺は復興が叶わなかったが、安福と福王の２ヵ寺は、その後小庵を建てて法灯を護っていた。元応９年(1319年)、遊行４代呑海上人がこの地に下向され、安福寺を時宗道場として再興した。

　南北朝時代の応安7年(1374年)、益田七尾城第11代城主益田越中守兼見（かねはる・かねみ）公が現在の地に移転して萬福寺と改称し、寺領31石を与えて益田家の菩提寺と定めた。

　文明11年(1479年)、第15代城主益田越中守兼尭（かねたか）公は、画聖雪舟を招いて堂後に石庭を造営させた。

　慶応２年(1866年)、第2次長州征伐・益田口戦争の際は、幕府軍浜田藩の本営となり、兵火のために総門は焼失したが、幸いにも本堂・庫裏はその類を免れた。本堂の柱には、今も当時の弾の跡が残っている。

　門前の天満宮は、崇仏敬神の念厚き兼見公が、萬福寺鎮護の神として建造したものである。